本发明实施例的一种电动阀门故障诊断方法、系统及存储介质，包括：根据电动阀门的工作状态自适应建立电动阀门的诊断变量标准信号；判断当前电动阀门的工作状态相比之前电动阀门的工作状态是否发生变化，若是，则根据当前电动阀门的工作状态自适应重新建立电动阀门的诊断变量标准信号；根据诊断变量标准信号自适应更新诊断变量阈值；获取电动阀门开关操作时的诊断变量；比较诊断变量与诊断变量阈值，以根据诊断变量与诊断变量阈值的大小关系判定电动阀门是否发生故障；本发明实施例避免了采用机器学习方法进行故障识别的准确程度依赖数据量的大小和数据采集的准确程度的技术问题。