本发明适用于项目合规性审查领域，提供一种基于机器学习的不合规项目建议方案自动出具方法，包括：建立多规合一数据底座和学习成果库；导入项目信息自动审查；对于审查的合规项目和不合规项目进行处理；采用改进的KNN算法，针对不合规项目自动出具审查意见；从得到的不合规审查意见中匹配合规性审查规则、训练成果、用地互斥和用地互适规则，得到最终的建议方案集；采用熵值法对建议方案集中的方案计算项目值；输出不合规项目审查报告。本发明实现自动审查城市建设项目的合规性，短时间内就可以出具合规项目的审查报告和含排名靠前若干建议方案的不合规项目审查报告，提高了项目合规性审查和新方案确定的效率。