本发明涉及一种基于自动对焦的数字化口腔全景重建方法，包括如下步骤：步骤S1、按照扫描轨道围绕目标对象扫描得到多帧投影图像；步骤S2、根据预设的聚焦面坐标位置，通过沿着射束方向进行偏移，对各聚焦面的位置进行调节，得到多组聚焦面的坐标；步骤S3、根据多组聚焦面的坐标重建多层全景图像；步骤S4、对重建得到的多层全景图像进行滤波操作；步骤S5、对多张全景图像进行清晰度值计算，基于计算的清晰度值，查找牙齿各部位所在的清晰层；步骤S6、根据牙齿各部位上每个点所在清晰层的层序号计算出与预设聚焦面坐标的偏移量，获得适合患者牙齿走向的新聚焦面坐标；步骤S7、对新聚焦面的坐标进行校正；步骤S8、基于新聚焦面坐标重新重建得到清晰图像。