本发明属于有机化工技术领域，具体涉及一种季铵盐甘油醚及其制备方法和应用。本发明提供的季铵盐甘油醚中的R1和R2基团均为长碳链基团，使该季铵盐甘油醚具有优异的稳定性。并且，本发明提供的季铵盐甘油醚含有氮正离子，能够和细菌(负电基团)相结合，破坏细胞壁和细胞膜，使细胞内物质泄漏，细菌死亡，起到抑菌作用，并可以将抑菌作用赋予面巾纸等纸制品。本发明提供的季铵盐甘油醚的制备方法步骤简单，成本低廉，方便操作，具有大规模工业化应用前景。