本申请公开了一种用于防治烟草霉烂病的复合菌剂、发酵方法及其施用方法，至少包括：生防菌BA08、生防菌BA20、生防菌BSRS‑1；生防菌BA08为枯草芽孢杆菌的一个株系，保藏编号为CCTCC No：M 2020549；生防菌BA20为枯草芽孢杆菌的一个株系，保藏编号为CCTCC No：M 2020548；生防菌BSRS‑1为桑肠杆菌的一个株系，保藏编号为CCTCC No：M2020550。该复合菌剂稳定性好，不仅是烘烤期烟草霉烂病的高效生防菌，而且对雪茄烟发酵过程中的霉变病也有较好防效。说明本申请提供的复合菌剂能对烟草霉烂病发挥较好的防治效果。