本发明属于工程井的回灌技术领域，公开了一种回灌、清淤系统及操作方法。该回灌、清淤系统包括回灌井、回灌装置和清淤装置，其中回灌井包括内层和外层，内层位于外层中心，外层不仅能够保护内层不受周边土层的压力而变形，也能限制内层横向变形，使得内层直径比较均匀，结构稳定，利于清淤工作进行。回灌装置可移动设置于回灌井井口，回灌装置可向内层注入回灌水。清淤装置可移动设置于回灌井井口，清淤装置包括充气管和吸淤管，充气管和吸淤管的端部伸入至内层底部，清淤装置能够为充气管提供吹力以及为吸淤管提供吸力，充气管充气将井底污物吹起使井水变为污水，吸淤管能将污水吸出至清淤装置中，清淤效果好且操作便捷，能够保证回灌注水顺利完成。