本发明公开了一种煤矿底抽巷穿层钻孔施工煤水分离方法，属于穿层钻孔施工煤水分离技术领域。该方法具有如下优势：具有高效性：能够实现煤水快速连续分离，连续出煤，消除人工清煤环节，减少清理煤粉时间，能够实现钻孔连续冲孔，钻孔整体成孔效率大幅度提高。达到精准计量的目的，有效的降低人工劳动力，大幅度提高钻孔施工效率，缩短工作面瓦斯治理时间，推进矿井整体工作可待续、高质量发展。该分离方法应用后冲孔煤量会翻倍增加，有效缩短瓦斯治理周期，减少煤泥外排，降低了水仓清挖频次，有效的预防了突出煤层瓦斯治理效果，提高了瓦斯治理水平，设备投入使用后可实现自动化、半自动化操作，减少人员投入，有效的保障了人员安全。