本申请公开了一种基于默克尔树的数据对比方法、设备及介质，方法包括：确定待对比的第一数据源和第二数据源，第一数据源与第二数据源中的数据是一一对应的；使用相同的切分方法分别对第一数据源与第二数据源进行切割，得到第一数据块与第二数据块，第一数据块与第二数据块数量相同；获取数据对比任务的精度要求、第一数据源及第二数据源的大小、服务器性能，确定默克尔树的构造数量；使用相同的构造方法分别处理第一数据块与第二数据块，得到第一默克尔树组与第二默克尔树组，第一默克尔树组与第二默克尔树组内默克尔树的数量相同；根据第一默克尔树组与第二默克尔树组，确定第一数据源与第二数据源是否一致。