本发明公开一种考虑边界来水的水电站通航优化调度方法，包括：根据短期洪水预报预测干支流区间可能来水情况；建立一维水动力学模型，将干支流预报洪水过程作为边界输入条件，通过一维水动力学模型，计算目标河段的水力学特征值；根据相关调度规程以及相关航运调度方案，确定目标通航河段的水流约束条件；判断该电站下泄流量下是否满足约束条件；如果不满足约束条件，通过不断优化电站出库流量，使最终目标河段水流条件满足约束条件；本发明通过数值模拟技术，采用优化电站下泄流量方法使目标河段水力学条件满足通航要求，可以降低水位波动，改善水流条件，减少停航的时间，增加河段的通航时长和河道的通航率，为水电站的通航管理提供技术支撑。