本发明公开了一种并联型有源电力滤波器优化配置方法，该方法包括：考虑配电网系统多谐波源随机接入场景，考虑谐波综合治理效益前提下构建SAPF双层规划模型；外层模型将SAPF治理成本作为目标函数，以SAPF补偿容量和配电网各节点功率平衡为约束条件；内层模型将配电网各节点谐波电压畸变率作为目标函数，以补偿电流系数和各节点电压畸变率为约束条件；依托解耦谐波潮流算法和混合智能算法对SAPF双层规划模型进行求解，对SAPF安装位置和容量进行配置。本发明可实现SAPF合理优化配置，对全配电网全局具有良好的谐波治理效果并达到整体谐波治理效益最高。