本发明属于运变电站改建技术领域，提供了一种含GIL结构的GIS变电站VFTO水平评估方法及系统。该方法包括，基于GIS变电站中的设备参数结合GIL结构的导体和外壳尺寸，建立变电站计算模型；选取电弧弧道电阻；选定仿真步长，选取所有线路和变压器进入串内的两侧隔离开关操作运行方式进行VFTO计算；考虑GIL线路至GIS全长段多处发生对地闪络故障，计算对应产生的VFTO；对计算得到的全站所有设备上VFTO水平进行统计分析，若最大VFTO幅值超过设定的阈值，则采取VFTO限制措施。本发明既充分考虑GIL结构引入对VFTO波形特征的影响，也考虑长距离GIL发生内部绝缘闪络情况下产生的VFTO，以实现对含GIL结构的变电站VFTO水平进行合理评估，提供对含GIL结构的变电站VFTO水平评估的准确性。