本发明涉及电力系统继电保护技术领域，公开了一种基于差流多维信息判别的变压器差动保护方法及系统，包括处理器，所述处理器用于变压器发生区内故障时，计算故障相工频制动电流有效值以及模值和制动电流有效值，并与第一预设门槛值进行比较；当所述工频制动电流有效值、模值和制动电流有效值中的任一项大于第一预设门槛值时，则进行工频差动继电器的差动保护动作判别，满足工频差动继电器动作条件后开放差动保护；否则，工频差动继电器以及模值和差动继电器同时进行差动保护动作判别，满足工频差动继电器以及模值和差动继电器任一动作条件后开放差动保护。提高了差动保护的性能，原理简单，工程适用范围广。