本发明属于信号传输技术领域，公开了一种基于时间同步的跟踪发信控制方法与装置，本发明利用BD/GPS授时控制本地电路获取标准时间，然后用该时间的一个约定时段为基本时长单位，控制n组m个数字载波轮流输出对待传输数据按h位为一帧进行不同速率的基带编码，再将编码信号经高频载波调制后，按时隙轮流分配到k个不同无线、FSO或光纤载波频段的信道上，实现对待传输信号的双层保护安全传输，基于这种方法设计的控制装置由集成在FPGA芯片中的时钟驱动模块、时间获取模块、载频产生模块、载频控制模块、基带数据编码模块、高频调制与信道分割模块、显示控制模块，以及FPGA芯片外的BD/GPS授时接收模块、线路信号发送模块构成。