本申请公开了一种地下水库的水文综合探查系统及方法，系统包括：选区单元、钻孔单元、探查单元和分析单元；所述选区单元与所述钻孔单元连接，所述选区单元用于选择探查区域，并基于所述探查区域选取探查点；所述钻孔单元用于基于所述探查点进行钻孔，得到探查孔；所述探查单元与所述分析单元连接，所述探查单元用于基于所述探查孔进行探查，得到水文综合信息；所述分析单元还与所述选区单元连接，所述分析单元用于基于所述水文综合信息得出分析结果。基于水文信息及已建成地下水库的数据信息，分析探查区域能否达到建立地下水库的条件。结合地质分布图，能够对探查区域进行准确分析，为地下水库的修建、维护提供支持。