本发明涉及一种水库水位波动处理方法，包括：S1，获取目标水库的坝前水位历史数据；S2，对历史数据中的粗大数据进行剔除；S3，对经S2操作后的历史数据中的缺漏数据进行填补；S4，采用SG滤波方式对经S3操作后的历史数据进行滤波平滑处理；S5，采用原始的坝前水位历史数据计算径流倒挂率P0，采用经S4操作后的坝前水位数据计算径流倒挂率P1，判断P1是否小于P0，若是，则输出P1的值和经S4操作处理后的坝前水位数据，若否，则返回执行S4；其中径流倒挂率指出现目标水库的入库流量小于上游相邻水库出库流量现象的频率。该方法能够提高水库坝前水位的准确性，从而降低调度风险。