本发明公开了一种空陆水联运生物隔离集装箱系统，包括箱体总体结构、综合保障系统、生命支持系统、智能信息与交互系统等，箱体总体结构由框架、墙体结构、吊顶结构、地板隔舱结构、气密门、伸缩转移通道等组成；其特征是：箱体的框架结构与箱体的外墙均为铝合金材料制得。本发明具有的优点是：采用轻量化框架结构，能够更好满足航空运输快速转运要求，兼顾铁路、公路和水路转运。同时，也能够在箱体内定制安装生命支持、消杀、通信定位、环境控制等硬件/电气系统，提升系统功能的完备性和实用性，更好满足紧急状况下的安全应急医疗使用；解决批量传染病患者长航时转运过程中的生物安全与防护、生命支持集成、医疗状况监测监控、紧急救治救护等问题。