本申请涉及生物特征采集与识别的技术领域，提供一种指纹密钥生成方法、系统、介质及设备。该指纹密钥生成方法，包括：指纹图像预处理：S2、确定出稳定特征点集合：S3、构造密钥特征点集合：S4、计算特征距离：S5、生成原始指纹密钥。本申请的技术方案无需保存任何指纹特征数据或信息，在每次需要密钥时，仅通过随时采集指纹图像即可重构指纹密钥，完全克服了传统指纹密钥生成方法中使用中间存储介质的局限性，极大程度地保证了指纹数据的安全性，提升了用户体验值，且有效降低用户生物特征的丢失和遗漏的风险。