本发明提出了一种智能环控集装箱式隔离运输方舱，包括方舱本体、智能环控系统、供电系统，在所述方舱本体内设置有通过内部门连通的医护工作区、医护工作区用卫生间、缓冲间、一脱区、二脱区、病房和病房用卫生间，在医护工作区和病房分别设置有与方舱本体外界连通的外部门，通过集约化分区设计，实现“三区两通道”布局，确保医生、患者进出及行进路线的隔离；方舱本体设置有智能环控系统，实现每个独立空间的温湿度和压力调控，利用智能负压通风技术，在方舱本体内形成从医护工作区依次流向医护工作区用卫生间、缓冲间、一脱区和病房的第一定向气流。本发明能够为重大疫情下患者批量的快速转运提供生物安全隔离方舱，为传染病患者全域联运提供装备支持。