本发明公开了一种药物分装系统，药物分装系统括：药物输送组件，药物输送组件包括第一输药件和多通件，第一输药件适于插入或拔出用于盛装药物的储药件，第一输药件与多通件连通，多通件还适于与分装容器连通以连通多通件和分装容器；分装装置，药物输送组件设于分装装置，分装装置用于驱动第一输药件插入或拔出储药件，分装装置还用于驱动储药件内药物沿第一输药件和多通件流入分装容器内。由此，通过药物输送组件和分装装置配合，能够自动将药物分装入分装容器内，与现有技术相比，减少了工作人员接触放射性药物时间，降低了辐射剂量感染，降低药物对工作人员造成的放射性伤害。