本发明公开了一种利用鱼粪发酵产生的泡沫促进菌藻共生和高效回收的方法，其特征在于：包括依次相连的鱼粪的厌氧发酵池、好氧发酵池以及菌藻共生系统，所述菌藻共生系统包括反应器，将所述厌氧发酵产生的泡沫引入菌藻共生系统，缓慢搅拌，使得气泡均匀分散在反应器中，停止搅拌，随着微藻光合作用的不断进行，当微藻生物量达到0.8‑1.0g/L左右时，气泡逐渐富集于反应器表面，通过刮板将气泡刮出并通过超声波振动，即可实现气泡的破裂和藻的回收，经过所述菌藻共生系统的水回到鱼池中养鱼。为菌藻生长提供营养物质，另一方面可实现菌藻从液面的分离，降低菌藻回收成本。(菌藻回收成本一般占菌藻养殖成本的20％以上。)养殖的菌藻经过收集后去鱼池作为鱼饵。