本发明公开了多功能复合降镉促生长微生物菌剂及其制备方法和应用。方法包括如下步骤：S1:微生物发酵液的制备：配置发酵培养液；S2:微生物的扩大培养：功能菌剂的扩大培养：将耐镉微生物菌群、解磷菌群、硒酸盐还原菌群、硫酸盐还原菌群按照1：1：1：1的比例添加到发酵培养液中，总接种量为2％；辅助菌剂的扩大培养：将植物促生长菌剂按照2％的接种量单独接种到发酵培养液中；S3:微生物菌剂的制备：待上述两个发酵液发酵培养18h后，将投入生物质材料进行混合，混合后，待其自然稳定到24h，完成菌剂的制作。本发明的微生物菌剂一方面降低土壤重金属镉的毒害作用，另一方面通过植物促生长微生物菌剂改善农作物的生长状况。