本发明提供了一种热控制系统、应用该系统的充气泵及其热控制方法，涉及充气泵技术领域。其中，一种热控制系统，包括壳体、设置于所述壳体内的第一热源和第二热源，所述壳体在靠近所述第一热源和第二热源处分别设置有第一气孔和第二气孔，所述第一气孔与第二气孔之间形成供气体流动的气流流道；所述壳体内还设置有气流控制组件，所述气流控制组件包括：风扇，位于所述第一气孔和第二气孔之间，用于控制气流在所述气流流道内的流动；以及驱动件，与所述风扇相连，用于驱动风扇正转或反转。基于本发明的技术方案，可同时解决充气泵内锂电池常温使用发热及低温使用性能下降的问题，可有效延缓气缸、电池等部件寿命衰减，并充分保证锂电池供电效率。