本发明公开了一种非平行双轴线定位方法，S1：以船舶中心的船舯线作为基准线，根据船台的斜度X，以及两个肋位的间距a，计算出船台中心线斜边的长度b，首基准线处高度c；S2：计算出船台上平面轴线d的长度；S3：计算出轴系中线与其在水平面的投影线之间的夹角Z；S4：根据设计的艉管距离D，计算出首基准点与尾基准点的横坐标与纵坐标；S5：并定位首基准点、尾基准点光靶位置。使用本方法能够对非平行的双轴系中线线进行精确的定位，为轴系的安装工作提供精确基准，为轴线的高质量安装提供保证，经船舶系泊、航行试验的检验，轴系运行正常。该定位方法的成功应用，为后续同类型或相似工作的开展提供借鉴，提高了对复杂轴系建造、质量控制。