本申请涉及一种蓝藻监测无人船及控制方法，包括采样装置、流式细胞仪、边缘计算装置和控制系统；采样装置用于对湖水和蓝藻样本进行采样；流式细胞仪用于接收所述采样装置采集的样本，并获取样本中各物质含量数据以及蓝藻细胞图像；边缘计算装置用于根据所述物质含量数据以及所述蓝藻细胞图像对蓝藻种类进行识别再对生长状态进行判断，并给出预警；控制系统与所述采集装置、流式细胞仪及边缘计算装置连接，用于信息、数据的接收和发送，且所述控制系统、采集装置、流式细胞仪及边缘计算装置均安装在船体内。上述蓝藻检测无人船及控制方法，无需人工进行操作，能够自动进行蓝藻监测，耗时较短且效率高。