本发明公开了一种基于光流测算的河流表面流速的计算方法及系统，其中的方法包括：采用光流算法对图像的光流值进行计算，基于此计算测流图像矩阵中特征点偏移量，并对偏移量值进行过滤；对测流图像矩阵的光流值进行过滤；计算得到像素坐标系下的河流表面速度，将摄像头采集的河流流动视频中每个视频帧图像的像素坐标转换为世界坐标；根据过滤光流值后的测流图像矩阵中连续两帧图像的像素坐标和连续两帧图像的世界坐标，计算图像的空间分辨率；利用图像的空间分辨率和过滤后的特征点在像素坐标系下的河流速度，计算世界坐标系下的河流表面流速。本发明在提高计算效率的同时可以提高计算的精确性。