本发明涉及一种呼吸道疾病临床辅助决策系统，包括：数据采集模块、智能决策模块和若干个信息采集模块；所述数据采集模块用于获取时间序列环境信息；任一所述信息采集模块用于将基本信息发送至所述智能决策模块；所述智能决策模块用于基于所述时间序列环境信息和所述基本信息得到辅助诊断信息；所述智能决策模块还用于根据所述时间序列环境信息得到预测环境信息；所述智能决策模块根据所述预测环境信息和所述辅助诊断信息，结合知识图谱，得到辅助用药信息。本发明能辅助医生对呼吸道疾病患者给出快速准确的诊断和治疗方案，提升医生的诊断能力及效率。