本发明公开一种发电机机端零序CT异常判别方法，首先采集发电机的机端三相电压、机端零序电压、机端三相电流和机端零序CT电流的实时数据，再采用全周波的傅立叶级数计算方法，计算机端三相电压、机端零序电压、机端三相电流和机端零序CT电流的基波分量；最后计算机端正序电压、机端三相电流最大值、机端基波零序电压突变量、计算机端基波零序电流突变量；当机端正序电压大于定值1且机端零序电压小于定值2时，则进行机端零序CT异常逻辑判别，在逻辑判别中若同时满足判据1与判据2，则经延时报警。本发明采用带比率制动门槛及突变量门槛特性的机端零序CT异常判据，实现机端零序CT异常判别，保证了判据的可靠性，提高了判据的灵敏度。