本发明公开了一种OTFS信号的同步方法及系统，同步方法包括：S1根据OTFS波形的帧结构获得同步序列，并将长度为L的同步序列作为发射端同步信号和接收端匹配信号；S2将接收信号与所述同步序列进行相关处理后获得相关序列，并通过所述相关序列获得同步点；S3根据所述同步点获得接收信号的起始点，实现接收端的定时同步；S4根据定时同步结果获得频率偏差，并根据所述频率偏差实现载波同步。本发明缩短了本地同步序列长度，从而降低相关计算的运算量；对相关后的结果进行延时相乘，数据存储量低且乘法器消耗少；采用多组相邻同步序列计算频率偏差，提升了频率偏差估计性能。