本发明公开了一种适用于浅水区域打捞船舶的监测系统，包括设置在船舶上的GPS、罗经、5个惯性测量单元、2个测深仪和计算机，5个惯性测量单元分别设置在5个监测点处，5个监测点分别位于4个角点和船舶中心，2个测深仪分别设置在船舶的左前部和右后部，计算机接收GPS、罗经、5个惯性测量单元和2个测深仪的监测数据并进行以下处理：1)采用以下公式分别计算5个监测点处船底距海底的实时距离：ΔH＝h‑(H‑d)+heave，其中，ΔH为船底距海底的距离，h为姿态改正后的水深，H为船舶型深，d为测深仪安装高度；2)预警：当监测数据超过设定阈值时，计算机发出预警。本发明能够实时监测船舶运动状态并提供预警信息，保证打捞施工作业安全。