具有电子墨水靶标显示装置的医用内窥镜校准系统及方法，涉及光学性能校准技术领域，为了解决现有技术存在问题，该系统包括光学转换镜组、电子墨水显示屏、光源、翻转机构、五维位姿调整台、遮光外罩、内窥镜位姿调整机构、待测内窥镜、控制计算机、高清镜头接口、图像采集单元和LED冷光源；其中，光学转换镜组、电子墨水显示屏、光源、翻转机构和五维位姿调整台构成电子墨水靶标显示装置；利用电子墨水显示屏可显示漫反射图像的特性，用来模拟几何靶标，并通过研制电子墨水显示屏光学转换系统和相应的控制算法，使整个设备具备了小型化、集约化和自动化的特性，降低了设备制造成本和检测成本，提升了内窥镜校准效率，可实现现场条件下内窥镜校准。