本发明公开了一种石英坩埚自动清洗系统，包括沿输送方向依次布置的进料工位、若干清洗室和出料工位；还包括设置于进料工位清洗室和出料工位上方的吊装机构；吊装机构包括固定机架和吊装架，吊装架通过第一横移机构和第一升降机构与吊装架连接；吊装架沿输送方向依次间隔设置有至少两个托架吊接单元；第一横移机构配置为驱动吊装架沿输送方向往复横移；第一升降机构配置为驱动吊装架沿铅垂方向升降。该石英坩埚自动清洗系统通过吊装架同时吊起两个以上的坩埚托架，实现载有坩埚的托架在进料工位、清洗室和出料工位之间的快速转移，清洗系统自动化程度和坩埚清洗效率高。本发明还公开了一种石英坩埚自动清洗方法。