本发明公开了一种鼻咽癌患病风险预测试剂盒。本发明通过对EB病毒EBNA3B核抗原蛋白的氨基酸表位进行多态性分析，发现了与鼻咽癌患病风险相关的氨基酸表位变异；即当EBNA3B的第399位氨基酸表位由A变为S，第400位氨基酸表位由V变为F，第417位氨基酸表位由V变为L时，鼻咽癌患病风险降低；而当EBNA3B第402位氨基酸表位由D变为N，第424位氨基酸表位由K变为N时，鼻咽癌患病风险升高。在此基础上，本发明提供了可用于预测鼻咽癌患病风险的试剂盒，可用于鼻咽癌高危人群的筛查，有助于鼻咽癌的早期诊断，降低鼻咽癌的发生率及死亡率。