本发明公开了一种与小麦小穗数QTL连锁的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学及作物遗传育种领域。所述KASP‑3D‑1分子标记为SNP分子标记，多态性为G/A，其与所述小麦小穗数QTL QSns.sau‑MC‑3D.1共定位于小麦3D染色体短臂上。所述KASP‑3D‑1分子标记通过核苷酸序列如SEQ ID NO：1‑3所示引物扩增得到。本发明提供的分子标记KASP‑3D‑1与小麦3D上的小穗数QTL QSns.sau‑MC‑3D.1紧密连锁，可用来对小麦小穗数这一性状进行定位，从而在育种过程中淘汰小穗数较少的植株，提高育种工作效率，并为小麦小穗数的遗传解析研究提供一定基础。