本发明公开了一种利用中低世代育种材料进行QTL分析的方法。该方法如下：(1)选择两个农艺性状优良且互补的亲本材料，获得F1代杂交材料；(2)利用F1代杂交材料自交，获得F2代，并通过与亲本材料一同进行测序，确定杂合区间；(3)利用筛选得到的F2代材料连续自交获得中低世代材料，并针对获得的中低世代材料的杂合区间进行QTL定位；(4)继续对中低世代材料进行加代培育，固定目标QTL的有利等位基因，进而筛选出优良纯系材料。本发明可以根据育种目标继续选择优良材料，开展后续加代、测交等育种工作；同时，还能开展QTL分析，从而做到QTL分析与育种工作同时开展，不需额外构建遗传群体，降低了人力物力的消耗。