本发明提供了一种可变气门正时系统及其相位控制方法、发动机及车辆，涉及车辆技术领域。本发明所述的可变气门正时系统，包括凸轮轴、输出端斜齿轮、输入端斜齿轮、控制端斜齿轮和电机，凸轮轴与输出端斜齿轮连接，输出端斜齿轮与输入端斜齿轮啮合传动，输入端斜齿轮与控制端斜齿轮啮合传动，输出端斜齿轮的齿数与控制端斜齿轮的齿数相同，控制端斜齿轮与电机连接，电机用于通过控制控制端斜齿轮的转动方向以改变凸轮轴的相位。本发明通过电控机械结构改变输入端与输出端的传动比，从而使凸轮轴提前或滞后，由于摒弃了液压驱动方式，不受环境温度等影响，在任意工况均可正常工作；响应速度远高于传统液压式可变气门正时系统；且无调节角度的限制。