本发明涉及表面增强拉曼基底制备技术领域，尤其涉及一种水凝胶柔性SERS基底的制备方法及应用，其是由海藻酸钠水凝胶包覆银纳米粒子形成的柔性SERS基底。本发明由乙酸触发钙‑乙二胺四乙酸络合物缓慢释放的钙离子能够使海藻酸钠均匀交联形成稳定的水凝胶，且该交联方法无需用到“油相”，避免了有机试剂对SERS检测目标物的干扰；覆盖在银纳米粒子外周的海藻酸钠水凝胶表面具有可调节大小的孔状结构，可以排除复杂样本中大分子蛋白等杂质的通过，选择性地只允许待测小分子进入水凝胶内部，在无需任何复杂前处理的情况下实现牛奶中三聚氰胺的直接快速检测。