本公开提供一种智能变电站继电保护的故障定位方法及系统，该方法包括：解析SCD和SPCD文件获取智能变电站各智能电子设备之间的光纤连接关系和信号收发关系，自动绘制出变电站的网络拓扑结构和各智能电子设备间的数据流向；采集各智能电子设备间的工作状态信息，在根据所述工作状态信息确定出现故障时，根据各智能电子设备之间的光纤连接关系、信号收发关系以及出现故障的时间，确定待排查的关联故障目标智能电子设备；根据预设的关联故障关系，在所述关联故障目标智能电子设备中确定最终的关联故障智能电子设备。