本发明公开了一种智能变电站二次系统的安全加固方法，其，包括以下步骤：S1：对客户端身份验证字段进行加固编码；S2：客户端生成加固后的客户端身份验证字段并填充进关联请求报文，服务器收到关联请求报文后进行处理，对关联请求报文进行分析验证；S3：客户端执行步骤S2，对收到关联响应报文进行分析验证，确保客户端与服务器建立连接；S4：客户端与服务器之间建立通信加密通道。本发明在嵌入式系统也可正常运行，提供必要的密码支持与验证；实现基于握手认证协议的改造，并建立客户端与服务器之间的加密通信通道，在智能变电站中无论是人还是软件应用均能确保足够的机密性。