本发明公开了一种平衡WEE关系的径流式水电站生态流量确定方法和系统，该方法包括获取预存储的待分析数据，读取水文数据并确定出不少于N种生态流量，形成生态流量集合；构建生态流量与水力发电耦合模型，计算每种发电流量下的总发电量；构建水动力和鱼类栖息地模拟模型，得到鱼类栖息地可利用总面积；以总发电量最大、鱼类栖息地可利用总面积最大和水文情势变化最小作为目标函数，选取多目标函数计算方法求解，并采用优选方法对计算结果进行排序，给出最终生态流量参数。本发明能够平衡水‑能‑生态三者之间的冲突关系，为径流式水电站生态流量确定、流域水资源分配及管理提供切实可靠的依据。