本发明公开了一种区域电热系统储能分层配置优化方法及系统，所述的方法为：基于灵活性不足风险成本模型，进而构建电热系统储能分层配置优化模型，通过对储能容量配置和电热系统运行实现分层优化，得到储能容量配置方案和储能运行优化策略；上层储能配置模型计算得到储能容量配置结果后，下层储能运行优化模型基于目标级联分析法构建电‑热协同运行调度模型，通过热电联产机组实现电热耦合功率交互，多个热力系统与电力系统间交互功率值迭代计算，直至满足收敛判据，实现不同利益主体的协同运行。本发明为应对风电的不确定性提供条件，对区域电热综合能源系统优化调度，实现了综合能源系统安全经济灵活运行。