本发明公开一种基于构建人群SNPs库的测序样本同源性检测方法及系统，属于测序样本检测技术领域。方法包括：构建人群SNPs库；获取两个VCF格式基因文件；根据预定过滤筛选条件分别对两个基因文件进行SNPs过滤筛选获得两个样本；将两个样本对应的基因文件取交集获得第一交集数据，将第一交集数据与人群SNPs库再次取交集获得第二交集数据；基于第二交集数据与第一交集数据的比值获得百分比P0；将两个样本对应的基因文件分别与人群SNPs库取交集获得第三交集数据和第四交集数据；基于第三交集数据与第一样本数据的比值获得百分比P1；基于第四交集数据与第二样本数据的比值获得百分比P2；基于P0与P1和P2的关系确定测序样本是否同源。