本发明涉及农业技术领域，且公开了一种抗菌剂的制备及在农作物中的应用，乙酰胺苯磺酰胺酰氯化精氨酸与羟基化羧甲基壳聚糖，发生酯化反应，并经过盐酸水解乙酰胺基，得到氨基苯磺酰胺精氨酸接枝壳聚糖基抗菌剂，在壳聚糖中接枝了抗菌性的氨基苯磺酰胺和胍基基团，抗菌基团接枝率高，抗菌性强，对柑橘炭疽病病菌、水稻稻瘟病菌等农作物真菌病菌有着很好的杀灭和抑制活性；并且壳聚糖基抗菌剂含有水溶性的羧基、胍基、氨基、磺酰胺等基团，水溶性高，可以很好地溶解在水介质中，得到低浓度，高活性的抗菌剂，在农作物杀菌和防病害中有着广阔的应用前景。