本发明公开了一种调控稻米垩白的基因PGI1、PGI2及其编码蛋白和应用。该基因为PGI1或PGI2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和2所示。该基因编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3和4所示。本发明克隆了两个控制水稻垩白的基因，通过crispr/cas9基因编辑技术分别对野生型中的PGI1和PGI2进行敲除后，敲除株系表现出稻米垩白粒率升高，说明这两个基因具有调控水稻垩白的功能，能够用于水稻等禾谷类作物的高产优质品种培育，并且也为其他物种中同源基因的克隆和研究提供了参考。