本发明提供了一种用于薄壳山核桃EST‑SSR标记的引物组及其试剂盒与应用，属于分子标记技术领域，所述引物组包括16对引物，其各引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1～SEQ ID No.32所示。本发明的引物组可以明确种质间的遗传多样性，同时可以将有系谱关系的种质聚在一个分支，可用于薄壳山核桃种质资源遗传多样性和亲缘关系的分析。相比于形态学鉴定，本发明采用引物组得到的鉴定结果不受环境影响，具有高效、准确和稳定的优点，该鉴定结果能够为薄壳山核桃种质创新提供基本数据，以更有效地选择合适的育种亲本。