本发明提供了一种多品种小批量混线机加工柔性制造调度与执行方法及系统，包括：步骤S1：实时采集现场数据，包括：加工设备实时信息、物流设备实时信息、装卸站实时信息、缓存站实时信息以及工件状态实时信息；步骤S2：基于实时采集到的现场数据以及配置的产品工艺进行设备分配任务调度以及物流任务调度；步骤S3：将物流任务调度结果发送至物流设备上，物流设备根据接收到的物流任务调度指令自动运行；步骤S4：加工设备根据设备分配任务调度结果对相应的加工任务进行工件加工。