本发明涉及数字化微纳卫星技术领域，提供一种数字孪生微纳卫星系统，其包括数字卫星模型模块、数据库、仿真运行环境搭建模块和通信模块，数字卫星模型模块包括应用级模型、系统级模型、分系统级模型、单机级模型；数据库用于各类数据和知识的存储、检索和获取；仿真运行环境搭建模块包括软件主框架、三维视景显示模块；通信模块包括数字卫星和物理卫星之间交互数据的接口。本发明可用于多种类型微纳卫星系统的数字化仿真与验证，系统中程序框架、模型、数据等解耦合设计，并可以根据需求进行模型的聚合和配置，提高了数字孪生卫星的通用性；本发明所提供的数字孪生卫星系统，可以进行支持微纳卫星系统设计仿真和验证，提高了卫星系统的设计验证效率。