本发明提供了一种煤层底板分支钻孔高精度探查评价方法，涉及煤层探查技术领域，包括以下步骤：S1：钻孔轨迹评价，包含一级指标钻孔平面间距和目标层钻遇率，评价内容从分支孔的平面和剖面两方面对分支孔轨迹进行具体评价；S2：探查评价，在钻孔轨迹评价满足评价要求后，对岩层中情况进行评价，探查陷落柱及垂向隐伏(含)导水构造；本发明建立了煤层底板灰岩地面超前区域探查治理效果评价指标，包括钻孔轨迹、探查评价、注浆治理评价三个评价项目及一个加密验证项目，细分为六个一级指标及二十五个二级指标；在探查治理过程中，通过多种指标综合分析对比，实现地层构造的高精度探查和异常地质体的精准治理，确保钻孔施工效果。