本发明公开了一种可再生能源配额制下基于AGC的调频补偿方法及系统，该方法根据场站AGC调节指令、指令下发时刻的电网调峰状态和断面状态计算新能源实际发电曲线与新能源超短期功率预测曲线的偏差量，根据所述偏差量计算新能源应减计绿证数量，将所述绿证数量在提供调频辅助服务的供应商之间进行分配；本发明的调频补偿方法以新能源场站的AGC指令、电网调峰状态和断面状态为辅助条件，基于新能源超短期功率预测曲线和实际发电曲线的偏差，以偏差量减计可再生能源发电商持有的绿证，并将这部分绿证用于补偿调频辅助服务发电商，从而平衡调频辅助服务市场对新能源消纳的积极作用，体现“谁使用、谁承担”的原则。