本发明提供飞轮储能系统的充放电控制方法、装置、设备及存储介质，飞轮储能系统中包括多个并联设置的飞轮储能系统，该方法包括：实时获取每台飞轮储能系统的实时SOC值，以及飞轮储能系统的实时网压；当检测到飞轮储能系统中至少2台飞轮储能系统的实时SOC值不相同时，且实时网压大于预设空载网压时，则控制目标飞轮储能系统按照第一充电电压阈值进行充电；当检测到飞轮储能系统中至少2台飞轮储能系统的实时SOC值不相同时，且实时网压小于预设空载网压时，则控制目标飞轮储能系统按照第一放电电压阈值进行放电。本发明可以实时调整飞轮储能系统的充电/放电电压阈值，与线路的实时运行情况动态匹配。