本发明公开了一种次级永磁型横向磁通直线电机，包括初级部分和次级部分，所述初级部分由若干个结构相同的初级单元构成，初级单元包括初级铁芯和电枢绕组，每个初级铁芯中有多个凸极铁芯作为初级齿部，电枢绕组缠绕在初级齿上；所述次级部分由若干个次级铁芯、永磁体和固定轴组成，每个次级铁芯均有轭部和齿部，次级铁芯的齿部与初级铁芯的齿部对应；永磁体嵌于次级铁心轭部，在运动方向上相邻次级铁芯中永磁体的充磁方向相同一致。本发明可实现电机各相解耦、电磁相互独立；根据不同的场合，次级永磁体可以分块内置于各次级铁芯中，也可以沿轴向组合为一体贯穿次级结构，使电机具有效率高、力密度高、永磁体利用率高、设计灵活等优点。